泉州师范学院档案工作由学校党委副书记分管，接受福建省教育厅、福建省档案局、泉州市档案局的业务指导、监督和检查。

档案馆内设文书档案室、科技档案室、干部人事档案室、学生人事档案室共四个业务部门，另在学校财务处、研究生处等设有档案分室。

目前全校有立档单位48个，其中党政机关24个：党政办公室、纪委办、监察审计室、组织部、宣传部、统战部、学生处、机关党委、外事办公室、人事处、教务处、研究生处、学科办、发展规划处、科研处、资产管理处、后勤管理处、基建办公室、质量管理办公室、保卫处、武装部、工会、团委会、诗山校区管委会；教学辅助机构5个：图书馆、档案馆、网络信息中心、学报编辑部、卫生室；二级学院18个：文学与传播学院、政治与社会发展学院、马克思主义学院、物理与信息工程学院、数学与计算机科学学院、外国语学院、资源与环境科学学院、海洋与食品学院、化工与材料学院、陈守仁工商信息学院、纺织与服装学院、教育科学学院、音乐与舞蹈学院、美术与设计学院、体育学院、应用科技（航海）学院、继续教育学院、软件学院；以及船员培训中心、校外教学点等。